Citas bibligráficas
De, G., (2020). Transcriptoma de Solanum goniocalix para la identificación de genes candidatos de resistencia al Tizón tardío [Universidad Nacional Agraria La Molina]. https://hdl.handle.net/20.500.12996/4373
De, G., Transcriptoma de Solanum goniocalix para la identificación de genes candidatos de resistencia al Tizón tardío []. PE: Universidad Nacional Agraria La Molina; 2020. https://hdl.handle.net/20.500.12996/4373
@phdthesis{sunedu/3013533,
title = "Transcriptoma de Solanum goniocalix para la identificación de genes candidatos de resistencia al Tizón tardío",
author = "De la Cruz Lapa, Germán Fernando",
publisher = "Universidad Nacional Agraria La Molina",
year = "2020"
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Con el objetivo de identificar genes candidatos para resistencia a Phytophthora infestans, en papas nativas locales (PNL) de tres poblaciones de Ayacucho (Anco, Chungi y Ticllas), se evaluo la diversidad genetica de 144 PNL. Con 10 marcadores SSR se distinguieron 67 alelos polimorficos, 14 genotipos y 18 alelos unicos. El AMOVA mostro que el 27.92 % de la diversidad alelica esta distribuida entre las poblaciones, y el 72.08 % esta distribuido dentro de las poblaciones, con FST promedio de 0.279. Se encontro alta diversidad intra e inter poblacional, y cada una constituyen poblaciones geneticamente cerradas. Se fenotiparon 20 accesiones de papa nativa expuesta a P. infestans POX-67. Se seleccionaron las accesiones Wira Pasna (CIP 704270) y Sumaq Perqa (CIP 703777) de la especie Solanum goniocalix, como resistente y susceptible, respectivamente. Las dos accesiones seleccionadas fueron inoculadas con P. infestans POX-67, se extrajo ARN de muestras foliares a 0 y 48 hpi. En el transcriptoma (Solanum goniocalix) se cuantifico 40,336 transcritos en las librerias ARNseq, cada libreria con una profundidad promedio de 28.02 millones de lecturas (secuenciamiento Illumina). Las lecturas se alinearon al genoma de referencia con una eficiencia de mapeo de 92.01%. Se reportan 19,666 genes alineados que no distorsionan el modelamiento en todas las repeticiones y al menos en un tratamiento. En la accesion resistente CIP-704270 (Wira Pasna) se identificaron 303 genes relacionados con la resistencia a P. infestans. Considerando la direccion de su expresion diferencial, se contabilizo 136 genes sobre-expresados y 167 genes sub-expresados, relacionados a resistencia en S. goniocalix a P. infestans (Log2FC . 2 y FDR . 0.001). Del analisis de enriquecimiento GO (Gene Ontology) y de rutas metabolicas KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) se identificaron 20 genes candidatos relacionados a resistencia contra P. infestans POX-67 a 48 hpi.
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