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Lopez, R., (2021). Expresión de pseudogenes alterados asociados con carcinogénesis en cáncer de laringe [Universidad Nacional Mayor de San Marcos]. https://hdl.handle.net/20.500.12672/16839
Lopez, R., Expresión de pseudogenes alterados asociados con carcinogénesis en cáncer de laringe []. PE: Universidad Nacional Mayor de San Marcos; 2021. https://hdl.handle.net/20.500.12672/16839
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Título: Expresión de pseudogenes alterados asociados con carcinogénesis en cáncer de laringe
Autor(es): Lopez Lapa, Rainer Marco
Asesor(es): López Sotomayor, Alberto Ernesto; Regina Rogatto, Silvia
Palabras clave: Laringe - Tumores; Cáncer - Aspectos moleculares; Carcinogénesis; Laringe - Cáncer
Campo OCDE: https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.16; https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.03
Fecha de publicación: 2021
Institución: Universidad Nacional Mayor de San Marcos
Resumen: El carcinoma de células escamosa de laringe (CCEL) es uno de los tumores que acomete la región
de cabeza y cuello, siendo casi el 95% de los tumores de esta región clasificados como CCEL.
En relación a los factores de riesgo para el desarrollo de esta neoplasia, son frecuentes el
consumo de tabaco, alcohol, presencia de tumores en la familia, infección por el virus del
papiloma humano relatado en una fracción de pacientes con CCEL. La aparición de tumores
secundarios y metástasis aumentan progresión de la enfermedad y el peor pronóstico, sumando
la pobre calidad de vida de los pacientes después de la remoción quirúrgica de la laringe. Sin
embrago, no hay evidencias de marcadores moleculares que sean capaces de predecir la
progresión y evolución clínica. Recientemente con el uso de tecnologías de secuenciamiento de
nueva generación se han identificado RNAs no codificadores, así como pseudogenes con
potencial de regulación a nivel transcripcional asociado a diversos procesos carcinogénicos. El
objetivo del presente estudio es la identificación de un perfil alterado de pseudogenes con función
de competidor endógeno (ceRNAs). Para este estudio se utilizaron datos de secuenciamiento de
RNAseq disponibles en la base de datos TCGA, (98 tumores de CCEL y 11 tejidos
histológicamente normales). Los datos fueron descargados y procesados mediante herramientas
bioinformáticas como DESEq y edgeR en la interfaz de del programa R para el análisis de
expresión diferencial, los pseudogenes alterados fueron considerados con valor de significancia
(p<0,05). Para los análisis in silico se utilizó herramientas bioinformáticas como IID (Integrated
Interactions Database), TOPPGENES (functional enrichment analysis), mirDip(microRNA Data
Integration Portal) e NAViGaTOR (Network Analysis, Visualization, & GraphingTORonto).
Como resultado se identificaron 259 pseudogenes alterados, los cuales fueron sometidos al
programa mirDIP, reduciendo a 90 pseudogenes con función de ceRNAs, asociados a 842
miRNAs que fueron filtrados por datos de validación para 24 miRNAs; el análisis de predicción
y validación de estos miRNAs revelo 313 genes validados que fueron sometidos a un análisis de
vías de señalización y de enfermedades. La vía señalización de matriz extracelular (M5889)
presento un aumento de expresión de los pseudogenes (AK4P3 y SSX6) que interactúan con
miRNAs (miR-204-5p y let-7c-5p) que tienen por blancos a los genes COL10A1 y IL11. En la
de vía adhesión focal (83067) los pseudogenes (GTF2IRD2P1, DUSP5P1, DPY19L2P1 y SSX6)
interactúan con miRNAs (miR-27b-3p, miR-23b-3p, miR-143-3p y miR-218-5p) que tienen por
blancos a los genes COL1A1, COL4A1 y MET. La vía de señalización de integrinas (P00034),
también muestra interacciones entre los pseudogenes mencionados que interactúan con miRNAs
y genes como MMP11, LAMC2, MMP13 y VCAN. También se identificó genes asociados a
neoplasias de la región de cabeza y cuello como MAGEA1 PDCD4, SERPINE, DUSP5 y
HMGA2, y sus ceRNAs MKRN9P, PYY2, FKBP9P1 y PTPRVP. Estas interacciones pueden
explicar porque un pseudogene actúa como ceRNA, ya que compite con los genes blancos de los
miRNAs y se genera un desbalance a nivel de expresión de genes, llevando a que las vías se
alteren y sean posibles precursoras del desarrollo carcinogénico. La mayoría de genes y miRNAs
fueron validos en estudios previos, los pseudogenes identificados podrían representar nuevos
marcadores y validados a nivel funcional para confirmar interacciones entre pseudogenes,
miRNAs y genes en CCEL.
Enlace al repositorio: https://hdl.handle.net/20.500.12672/16839
Disciplina académico-profesional: Genética y Biotecnología
Institución que otorga el grado o título: Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Facultad de Ciencias Biológicas. Escuela Profesional de Genética y Biotecnología
Grado o título: Biólogo Genetista Biotecnólogo
Jurado: Pino Gaviño, José Luis Rafael; Arbaiza Prado, Lourdes Elena; Paredes Anaya, Mónica Yolanda
Fecha de registro: 5-ago-2021; 5-ago-2021
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