Eficacia del diagnóstico molecular SARS CoV-2 por inactivación a calor en saliva e hisopado cornete frente extracción hisopado nasofaringeo Iquitos 2021

Abstract

The purpose of this project was to establish a real-time PCR assay for the detection of SARS-CoV-2 that would use a non-invasive biological sample such as saliva or mid-turbinate swab that would provide results in a short period of time and that would support SARS CoV-2 diagnostic procedures in Iquitos city. This project aimed to compare the internal effectiveness positivity, sensitivity, specificity, and positive predictive value of a molecular diagnostic test for SARS-CoV-2 using extracted RNA from saliva and mid-turbinate swabs versus heat extraction of the same biological samples. This is a cross-sectional, prospective, analytical study. A total of 289 participants were enrolled after they requested a real-time PCR test to detect SARS CoV-2 at the reference laboratory of the Regional Government of Loreto. The Centers for Disease Control of the United States validated primers and probes. The difference between the sensitivity, specificity, and positive predictive value of the real-time PCR test using extracted RNA and heat-inactivated biological samples were not statistically significantly different, p-value> 0,05, proving that both assays were effective.

Los motivos que han llevado a la ejecución de este proyecto fueron establecer una prueba molecular de RT-PCR para SARS CoV-2, con resultados en corto tiempo y con toma de muestra biológica no invasiva a través de la saliva e hisopado de cornete medio, brindando soporte al diagnóstico oportuno del SARS CoV-2 en la ciudad de Iquitos. Como parte de los objetivos planteados se buscó comparar la eficacia del diagnóstico molecular para SARS CoV-2 por inactivación a calor en saliva e hisopado de cornete medio, frente a la extracción de ARN mediante kit en muestras de hisopado nasofaríngeo, mediante el cálculo de su positividad, sensibilidad, especificidad y valor predictivo positivo (VPP). Este estudio corresponde al tipo trasversal – prospectivo, de diseño analítico no experimental, cuya población de muestra fueron 289 participantes que acudieron a realizarse una prueba molecular en las instalaciones del Laboratorio referencial Regional de Salud Loreto en la ciudad de Iquitos. Para el diagnóstico de PCR se utilizaron los primers 2019-nCoV_N1, 2019-nCoV_N2 y RP. La positividad, sensibilidad, especificidad, y valor predictivo positivo (VPP) resultaron similares a la prueba Gold estándar extracción con kit en muestras de hisopado nasofaríngeo, con pvalor > 0,05, demostrando que las pruebas evaluadas fueron eficaces.