Resultados de la resistencia antimicrobiana de Escherichia coli obtenida de productos cárnicos a través de técnicas microbiológicas, moleculares y secuenciamiento genómico completo. Una revisión sistemática

Abstract

La resistencia antimicrobiana y la contaminación de productos cárnicos por Escherichia coli son un problema a nivel mundial debido al uso indiscriminado de antibióticos de uso común en animales y a las malas prácticas de higiene en estas. El objetivo de este trabajo de suficiencia profesional es realizar una revisión sistemática de los resultados de la resistencia antimicrobiana de E. coli obtenidos de productos cárnicos a través de técnicas microbiológicas, moleculares y secuenciamiento genómico completo. Se realizó una revisión sistemática que utilizó las bases de datos Embase, Scopus, SciELO y Pubmed, con los términos claves: Resistencia antimicrobiana, productos cárnicos y E. coli. De una búsqueda inicial de 589 artículos fueron incluidos 71 según los métodos microbiológicos, moleculares y secuenciamiento genómico completo. Se encontró que con los métodos microbiológicos, E. coli fue resistente a la mayoría de los antibióticos de uso común en animales y humanos, a partir de los métodos moleculares se pudo obtener los genes que confieren la resistencia antimicrobiana, con el uso del secuenciamiento genómico completo se pudo lograr obtener un mejor panorama actual y control de los brotes epidemiológicos a partir de la resistencia antimicrobiana. Se concluye que E. coli fue resistente a los antibióticos betalactámicos, quinolonas, tetraciclinas, macrólidos y fenicoles, obteniendo diversos genes de resistencia antimicrobiana y a la vez se pudo conocer cuáles son los nuevos genes de resistencia antimicrobiana, factores de virulencia, obtención de plásmidos y relaciones filogenéticas de E. coli.

Antimicrobial resistance and contamination of meat products by Escherichia coli are a worldwide problem due to the indiscriminate use of antibiotics commonly used in animals and poor hygiene practices in them. The objective of this work of professional sufficiency is to carry out a systematic review of the results of the antimicrobial resistance of E. coli obtained from meat products through microbiologic techniques, molecular biology and complete genomic sequencing. A systematic review was carried out using the Embase, Scopus, SciELO and Pubmed databases, with the key terms: Antimicrobial resistance, meat products and E. coli. From an initial search of 589 articles, 71 were included according to microbiological, molecular and next generation sequencing. It was found that with microbiological methods, E. coli was resistant to most of the antibiotics commonly used in animals and humans, from molecular methods it was possible to obtain the genes that confer antimicrobial resistance, with the use of next generation sequencing. it was possible to obtain a better current overview and control of epidemiological outbreaks from antimicrobial resistance. It is concluded that E. coli was resistant to beta-lactam antibiotics, quinolones, tetracyclines, macrolides and phenicols, obtaining various antimicrobial resistance genes and at the same time it was possible to know which are the new antimicrobial resistance genes, virulence factors, obtaining plasmids and phylogenetic relationships of E. coli.