Caracterización molecular de Corona virus (CoV) detectados en crías de alpacas (Vicugna pacos)

Abstract

Busca detectar y caracterizar molecularmente a coronavirus a partir de muestras de heces diarreicas y tejido pulmonar con lesiones neumónicas en crías de alpacas de 1-6 semanas de edad procedentes de un centro de crianza ubicado en el departamento de Puno. Se detectó el virus mediante la prueba de RT-PCR anidada, usando cebadores externos específicos a los 3 géneros de Coronavirus (alfa, beta y gammacoronavirus) y cebadores internos específicos sólo para betacoronavirus. Se detectaron secuencias del género betacoronavirus en el 67% (10/15) de muestras diarreicas y en el 50% (8/16) de muestras de tejido pulmonar. Para la realización del análisis molecular de las secuencias virales detectadas, se procedió a amplificar mediante PCR fragmentos del gen codificante de la espícula (S), usando para ello 8 pares de cebadores derivados de secuencias consenso en Coronavirus bovino (BCoV). Se observó amplificación de fragmentos del gen S sólo en 3 muestras procedentes de heces diarreicas, de estas, 2 amplificaron para todos los cebadores y 1 amplificó para un par de cebadores que se alineaban a nivel del dominio S2 del gen S. No se logró obtener ningún fragmento en las muestras restantes (7 de heces y 8 de tejido pulmonar). Las secuencias del fragmento común obtenidos en estas 3 muestras fueron similares, y el análisis filogenético reveló una mayor identidad genética (99.7%) principalmente hacia cepas BCoV diarreicas aisladas en Estados Unidos respecto al aislado norteamericano de CoV de alpaca (98.3%). El presente trabajo constituye la primera evidencia de betacoronavirus presente en casos de neumonía en crías de alpacas y la cercana identidad genética de cepas de CoV de alpacas peruanas con cepas norteamericanas.