Evaluación in silico del mecanismo molecular de los nuevos inhibidores de la Peptidil Arginina Deiminasa tipo 4 en el tratamiento de la artritis reumatoidea-CIIM UCSM

Abstract

Introducción. La artritis reumatoide es una enfermedad crónico degenerativa cuyo tratamiento se basa en el uso de antinflamatorios, inmunosupresores, corticoides y en últimas instancias terapia biológica, sin embargo al estudiar cada vez más la fisiopatología de dicha enfermedad se ha descubierto nuevos mecanismos por los cuales es producida la destrucción del cartílago articular del ser humano, dichas vías abren la posibilidad de invención de nuevos componentes que puedan bloquear la activación de los mismos, tal es la Peptidil Arginina Deiminasa tipo IV, la cual juega un rol muy importante en la Citrulinación de proteínas y por ende, en la producción de los Anticuerpos anti péptido citrulinados, los cuales son los responsables de la activación de la respuesta inmune desmedida contra el cartílago articular produciendo las manifestaciones clínicas en el paciente, el fin de este trabajo es dilucidar el comportamiento de dichos compuestos químicos frente a la Peptidil Arginina Deiminasa por medio de dinámica molecular, así como estudiar el comportamiento de la Peptidil Arginina Deiminasa en su estado basal y la unión de esta ante los diferentes inhibidores escogidos para el presente estudio Materiales y Métodos: Se llevó a cabo un estudio experimental in silico, donde las estructuras se adquirieron del Protein Data Bank (PDB) y Gaussian View (GW). La simulación de dinámica molecular (DM) se efectuó utilizando el software GROMACS v.5.0.5. La validación de las estructuras se realizó mediante el cálculo de RMSD (desviación cuadrática media), radio de giro (RG) y el diagrama de Ramachandran. Posteriormente, se analizaron las fluctuaciones tras la interacción. Resultados. Se obtuvo un acoplamiento adecuado de los diferentes compuestos, se observa una unión estable, así como una fluctuación en los primeros 200 aa de la Peptidil Arginina Deiminasa además de picos energéticos en el Radio de Giro lo cual indica un desacoplamiento de los péptidos de la proteína en estudio. Conclusión. Se validó los modelos estructurales, la variación conformacional y energía generada por las interacciones moleculares entre la PAD4 y los diferentes compuestos químicos, mediante herramientas computacionales. Este estudio contribuye en el planteamiento de nuevos potenciales fármacos para el tratamiento de la Artritis Reumatoide.