Evaluación de la Dependencia Estructural Termoestable Respecto a los Puentes Disulfuro Presentes en los Ciclótidos de la Familia Rubiaceae y su Correlación Respecto a los Potenciales Electrostáticos Clásicos y Cuánticos

Abstract

Los ciclótidos son polipéptidos circulares sin residuos terminales, se encuentran en especies vegetales pertenecientes a la clase Eudicots de las Angiospermas, utilizados por tribus del Congo en la medicina tradicional formulando infusiones y ungüentos de las plantas silvestres. La especie más conocida es la Kalata-kalata de la familia Rubiaceae por su amplia distribución y su función uterotónica. Las características principales de estos polipéptidos cíclicos es la presencia de un nudo cíclico y un enlace peptídico terminal entre las colas carboxilo y amino. Utilizamos la dinámica molecular aplicando el campo de fuerza OPLS-AA en el software Gromacs 2016. Usamos 78 ciclótidos pertenecientes a la familia Rubiaceae. Las estructuras fueron minimizadas usando el método “steepest descent”. La simulación de dinámica molecular fue realizada con un ensamblé canónico NVT en unas condiciones periódicas de contorno de 5x5x5 manteniendo la temperatura fisiológica 36.5 ºC dentro de un sistema explícito. El análisis de la mecánica cuántica fue hecho en cinco ciclótidos en el software deMon2k v.4.7. En esta investigación presentamos resultados comparativos con respecto a la termoestabilidad (mecánica clásica) y la longitud de los puentes disulfuro (mecánica cuántica).

Palabras claves: Ciclótidos, Modelamiento proteico, Mecánica Molecular, Mecánica Cuántica, Annealing, Potencial Electrostático, Puentes disulfuro, Rubiaceae.