Desarrollo de un pipeline bioinformático que permite el ensamblaje y la anotación del genoma de la bacteria rickettsia asembonensis

Abstract

En las últimas décadas, el surgimiento y resurgimiento de las bacterias infecciosas se han convertido en amenazas de importancia para la salud pública. Este es el caso de la bacteria de la especie Rickettsia asembonensis -identificada en Asembo, Kenia- que, en los últimos años, ha sido detectada en pulgas (Ctenocephalides felis y Ctenocephalides canis), en regiones anteriormente no reportadas y en casos de síndromes febriles agudos inespecíficos. Este patógeno emergente -así como muchos otros- sigue siendo relativamente desconocido. Por lo que, se convierte en una necesidad sustancial no subestimarlo y expandir su estudio no solo epidemiológico, sino también relacionado a su biología molecular. En la actualidad, el esfuerzo científico a fin de incrementar la eficiencia de la obtención de la biología molecular de las especies a nivel global ha generado la aparición de tecnologías de secuenciación de última generación. En ese sentido, la gran cantidad de datos genómicos deben ser manipulados con técnicas bioinformáticas. Estas últimas, han permitido un mejor entendimiento y uso de los datos que generan las tecnologías de secuenciación. Siendo que, recientemente, la aplicación de protocolos y pipelines ha generado resultados favorables. En consecuencia, la aplicación de técnicas bioinformáticas con la finalidad de obtener la información genómica de la bacteria R. asembonensis representa una oportunidad para contribuir al conocimiento científico de este microorganismo. Por lo tanto, el presente trabajo tiene como objetivo principal el ensamblaje y la anotación del genoma de la bacteria R. asembonensis a través de un pipeline bioinformático, que hará uso de datos secuenciados de la pulga de la especie C. felis positivas para R. asembonensis, a partir de unas muestras recolectadas en un estudio llevado a cabo en la ciudad de Iquitos. El presente trabajo generará también un precedente y referente metodológico para otras especies de interés con la misma problemática.