Evaluación de métodos de purificación de SARS-CoV-2 para la cuantificación viral y análisis NGS de muestras del alcantarillado de las ciudades de Lima, Callao y Arequipa durante la pandemia de COVID-19

Abstract

La necesidad de medir los casos de infectados de COVID-19 durante la pandemia en países en vías de desarrollo donde se tienen recursos insuficientes para poder testear a la población ha llevado a proponer la epidemiología basada en aguas residuales como una alternativa económica y viable para poder conocer en tiempo real el avance de contagios y tomar las medidas necesarias de prevención aplicando cálculos de normalización de la población infectada como el del índice de prevalencia relativa (RPI, de sus siglas en inglés, Relative Prevalence Index) sabiendo la cantidad de población que alimenta un determinado buzón de alcantarillado. A partir de dicha herramienta es que se propone optimizar los procedimientos de menor costo para la concentración viral y purificación del ARN del SARS-CoV-2 para las muestras de agua residual, así como poder evaluar el rendimiento del proceso a partir de la medición de parámetros que puedan influir en la detección y cuantificación vía RTqPCR, como la influencia de los parámetros fisicoquímicos del agua residual recolectada en pozos de Plantas de Tratamiento de Alcantarillado (PTARs) y Redes de Alcantarillado (Colectores). En el estudio se demuestra la importancia del monitoreo de aguas residuales en el seguimiento al SARS-CoV-2, así como la existencia de un efecto favorable del MgCl2 como un aditivo para la filtración mediante el método de elución- adhesión con membrana electronegativa; también se recomienda el método del TRIzol modificado para la extracción a bajo costo del ARN viral de aguas residuales, siendo que es posible hacer más accesible estas metodologías en países de bajos recursos.