Caracterización genómica de aislados de Escherichia coli multidrogoresistentes obtenidos de cerdos bajo crianza intensiva en Lima Metropolitana

Abstract

La vigilancia de la resistencia antimicrobiana en entornos de producción animal es un aspecto importante que permite la toma de decisiones para el control de la emergencia de cepas multidrogoresistentes y la contención de su diseminación hacia otros ambientes. A pesar de su importancia en la vigilancia epidemiológica, la falta de monitoreo del estado de resistencia y el uso de antimicrobianos en centros de producción animal es común en nuestro país. Esta situación transforma estos entornos en reservorios para los genes de resistencia con el potencial para diseminarse, afectando potencialmente no solo a la sanidad animal sino también a la salud pública. En el presente trabajo se secuenciaron y caracterizaron los genomas de 4 aislados de Escherichia coli multidrogoresistentes: C1-P7B, C2-P10E, C3-P2C, C4-P1A; todos obtenidos de diferentes granjas de cerdos bajo crianza intensiva ubicados en Lima metropolitana, Perú. Empleando herramientas de análisis bioinformático se logró reconocer el grupo MLST, tipo de secuencia, que resultó ser diferente en cada uno de ellos. Se sugirió que se trataban de aislados de Escherichia coli no patogénicos ya que no se ubicaron en el genoma los principales genes de patogenicidad y virulencia característicos de aislados patogénicos. Se identificaron un total de 35 diferentes genes de resistencia antimicrobiana adquirida incluyendo 1 gen de resistencia a colistina y 5 diferentes genes que codifican betalactamasas de amplio espectro, considerados como últimos recursos para el tratamiento de infecciones. Se logró determinar la posible asociación entre genes de resistencia antimicrobiana adquirida y elementos móviles como plásmidos, integrones, secuencias de fagos y secuencias de inserción. Los plásmidos encontrados en el contexto de genes de resistencia adquirida pertenecieron a los grupos de incompatibilidad: IncFII_1, IncN_1, ColRNAI_1, IncFIB_1 probablemente cargando los genes: blaTEM-1B de resistencia a betalactámicos y los genes ant(3'')-Ia_1, aph(3')-Ia_9, aph(3')-IIa_2 de resistencia a aminoglucósidos. De forma similar, se detectaron 3 secuencias de fagos completos en el contexto genómico de los genes de resistencia: tet(34)_1, mdf(A)_1, blaCMY101_1 de resistencia a tetraciclinas, macrólidos-lincosamidas-estreptograminas y betalactámicos, respectivamente; así como 2 integrones completos asociados al gen dfrA12_8, de resistencia a trimetoprim. También se detectó una amplia variedad de familias de secuencias de inserción cercanos a genes de resistencia antimicrobiana adquirida, siendo IS4 e IS3 las más abundantes. Estos resultados demuestran que existen genes de resistencia antimicrobiana siendo transportados por elementos genéticos móviles en bacterias aisladas de centros de producción porcina en Lima metropolitana. Conociendo el estado de resistencia en Lima metropolitana y la presencia de una gran variedad de genes de resistencia en dichas granjas con el potencial de ser diseminados entre bacterias se deben tomar las medidas para el control y la fiscalización de los antimicrobianos que reciben los animales; así como, la búsqueda de alternativas que minimicen los riesgos de diseminación de esta resistencia hacia otros ambientes.