Gut microbiota in hospitalized children under 5 years with acute infective gastroenteritis caused by virus or bacteria in regional Peruvian Hospital

Abstract

Objetivo el objetivo de este estudio fue describir la prevalencia de 6 géneros de bacterias y 7 Phyla más comunes de la microbiota intestinal (MI) en las muestras fecales de niños menores de 5 años con gastroenteritis infecciosa aguda (GIA) y los patrones clínicos y demográficos poblacionales. Materiales y métodos: se analizó la base de datos de un estudio en donde las muestras fueron obtenidas en niños menores de 5 años hospitalizados con gastroenteritis aguda infecciosa en el “Hospital Docente de Cajamarca” al norte del Perú. Las variables cuantitativas fueron descritas en frecuencias y porcentajes de cada grupo usando el GraphPad Prism3 statistical (Graph Pad Software Inc., San Diego, USA). Resultados: las bacterias aisladas más comunes de la MI fueron Firmicutes (74/117) Bacteriodetes (73/117), Lactobacillus (70/117), Prevotella (67/117) Proteobacterium (63/117), sin tomar en cuenta el agente etiológico responsable de la GIA. Sin embargo, a pesar de la alta prevalencia de Firmicutes, Bacteroidetes, Lactobacillus y Prevotella en todas las muestras, observandose una notable reducción de éstos, especialmente entre los pacientes con una infección bateriana a comparación de las infecciones virales. Los pacientes con lactancia materna exclusiva o mixta denotaron mayor cantidad de bacterias en la MI a comparación de aquellos que recibieron fórmula o no recibieron. Conclusiones A pesar de que en este estudio solo se realizó la detección de algunas bacterias patógenas mediante un método cualitativo, se debe tener en cuenta que existen cambios notorios en la microbiota intestinal, ya sea que se curse con una infección viral o bacteriana.

Objective: The main objective of this study was to describe the prevalence of 6 common Gut Microbiota (GM) bacterial genera and 7 bacterial phyla in stool samples from children under 5 years of age with acute infective gastroenteritis (AIG), as well as to describe clinical and demographic features from our study population. Materials and methods: we analyzed the data from the database of a previous study, where the samples were obtained from a cross-sectional study in children under 5 years of age, hospitalized due to an acute infective gastroenteritis (AIG) at “Hospital Docente Regional de Cajamarca”, in rural Northern Peru. Quantitative variables were described as frequencies and percentages for each group using the GraphPad Prism3 statistical (Graph Pad Software Inc., San Diego, USA). Results: The most commonly isolated bacteria from the GM were Firmicutes (74/117) Bacteriodetes (73/117), Lactobacillus (70/117), Prevotella (67/117), Proteobacterium (63/117), regardless of the etiological agent responsible for the AIG. Interestingly, despite the high prevalence of Firmicutes, Bacteroidetes, Lactobacillus, and Prevotella across all samples, patients with a single bacterial infection, or even bacteria – bacteria coinfections when compared to viral etiologies, showed a visible reduction of these agents. Patients with exclusive or mixed breastfeeding registered the highest amount of gut microbiota bacteria, in contrast to infants who received formula or were not breastfed. Conclusions: Although in this study only the detection of some pathogenic bacteria was performed by a qualitative method, it should be taken into account that there are notable changes in the intestinal microbiota, whether it is carried out with a viral or bacterial infection.