Look-up in Google Scholar
Title: Secuenciamiento de cepas de levaduras nativas con elevada capacidad de producción de biodiesel
Advisor(s): Soriano Bernilla, Bertha Soledad
Issue Date: 12-Feb-2020
Institution: Universidad Nacional de Trujillo
Abstract: Una alternativa al uso de los aceites vegetales para la producción de biodiesel es el empleo de levaduras oleaginosas, capaces de acumular cantidades de lípidos celulares superiores al 20 % de su biomasa compuestos principalmente por triacilgliceroles (TAG) ricos en ácidos grasos insaturados similares al aceite de soya y colza. El propósito de este trabajo fue realizar el secuenciamiento del genoma de dos cepas de levaduras con elevada capacidad de producción de biodiesel, Rhodotorula. glutinis CON-5, Rhodotorula kratochvilovae POR-3. Para ello se produjo la biomasa de las cepas en medio YPD (30°C/ 150 rpm/ 48 horas), luego se extrajo el ADN genómico empleando el kit DNAeasy Soil de Qiagen y se determinó su calidad y concentración por electroforesis en gel de agarosa y por microespectrofotometría con Nanodrop 2000c. Las muestras de ADN genómico de buena calidad fueron secuenciadas utilizando la tecnología Illumina y el Secuenciador Miseq, con pair-end reads de 2x300 pb. Finalmente se realizó el preprocesamiento de datos, que consistió en realizar el análisis de calidad de las secuencias obtenidas usando el software FastQC, y luego con la herramienta bioinformática Fastp se eliminaron la secuencias de baja calidad, obteniéndose un total de 7 679 031 y 7 854 922 secuencias para R. glutinis CON-5 con un %GC de 62 y 64%, y 6 770 404 secuencias pareadas para R. kratochvilovae POR-3 con un %GC de 61%. Estos datos representan el material de partida para la realización del ensamble de las secuencias, que permitirán la obtención del genoma completo de dichas cepas y su posterior caracterización y análisis funcional.
Note: An alternative to the use of vegetable oils for the biodiesel production is the use of oleaginous yeasts, that have the capacity of accumulating amounts of cellular lipids greater than 20% of its biomass, mainly composed of triacylglycerols (TAG) rich in unsaturated fatty acids similar to soybean and rapeseed oil. The purpose of this research was the genome sequencing of two yeast strains with high biodiesel production capacity: Rhodotorula glutinis CON-5, Rhodotorula kratochvilovae POR-3, was performed. The biomass production for DNA extraction was made in YPD medium (30 ° C / 150 rpm / 48 hours). Then, the genomic DNA was extracted with DNAeasy soil Genomic DNA extraction kit and its quality and concentration was determined by agarose gel electrophoresis and microspectrophotometry using Nanodrop 2000c. Good quality genomic DNA samples were sequenced using Illumina technology and the Miseq equipment, with 300 bp pair-end reads. After that, the data preprocessing was carried out, which consists in determining the quality of the sequences obtained with the FastQC software, and then the low quality sequences were trimming using the FASTP bioinformatic tool. Finally, it was obtained a total of 7 679 031 and 7 854 922 for R. glutinis CON-5 with a GC% of 62 and 64%, and 6 770 404 forward and reverse sequences for R. kratochvilovae POR-3 with a GC percentage of 61%. These genome data represent the starting material for assembly of the sequences to obtain the complete genome of the strains and their subsequent analysis.
Discipline: Microbiología y Parasitología
Grade or title grantor: Universidad Nacional de Trujillo.Facultad de Ciencias Biólogicas
Grade or title: Biólogo Microbiólogo
Register date:  2



This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons