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Calderón, M., (2022). Identificación de polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) por secuenciamiento de Bibliotecas de representación reducida en Alpacas (vicugna pacos) Huacaya [Universidad Nacional Agraria La Molina]. https://hdl.handle.net/20.500.12996/5558
Calderón, M., Identificación de polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) por secuenciamiento de Bibliotecas de representación reducida en Alpacas (vicugna pacos) Huacaya []. PE: Universidad Nacional Agraria La Molina; 2022. https://hdl.handle.net/20.500.12996/5558
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title = "Identificación de polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) por secuenciamiento de Bibliotecas de representación reducida en Alpacas (vicugna pacos) Huacaya",
author = "Calderón Montes, Marcos",
publisher = "Universidad Nacional Agraria La Molina",
year = "2022"
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El sustento de los pequeños productores depende de sus rebaños de alpacas y de la producción de fibra. La mejora genética de las características de la fibra incrementaría sus beneficios económicos y calidad de vida. La incorporación de la tecnología de marcadores moleculares podría superar las limitaciones actuales para la implementación de programas de mejoramiento genético. Por lo tanto, el objetivo de este proyecto fue el descubrimiento del polimorfismo de nucleótido simple (PNS) mediante la secuenciación de bibliotecas de representación reducida (BRR) de alpaca. Se utilizó una muestra de 150 alpacas Huacaya de cuatro granjas, dos en Puno y dos en Cerro de Pasco para el descubrimiento de PNS por genotipado por secuenciación (GBS). Se produjeron 02 BRR por animal, mediante la digestión del ADN con ApeK1 y con Pst1-Msp1. Se usaron diez genomas de alpaca, secuenciados a profundidades entre 12X y 30X, y el genoma de referencia VicPac3.1 para las alineaciones con las lecturas de los BRR. 76,508 PNSs fueron incluidos en la micromatriz de PNSs de alpaca, de los cuales 302 PNS se encontraban en genes candidatos para la calidad y el color de la fibra. Los PNSs de la micromatriz cubrió el 90.5 por ciento de la longitud del genoma con una densidad de 39 ± 2.51 PNS/Mb de ADN en un intervalo medio de 26.45 ± 18.57 kbp. El rendimiento se evaluó con el genotipado de 30 tríos y comparados con su pedigrí, asimismo se comparó los genotipos por micromatriz y GBS. Se observaron valores de concordancia de 0.93 y 0.94 para los PNS generados por ApeK1 y Pst1-Msp1. La disponibilidad de PNSs en esta micromatriz facilitará los estudios de asociación de todo el genoma, la selección asistida por marcadores y, con el tiempo, la selección genómica.
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