Purificación de ADN metagenómico a partir de consorcios bacterianos biodegradables de petróleo crudo. Loreto - Perú

Abstract

Metagenomic DNA purification is the first step to deciphering the genetic information through metagenomic analysis of petroleum biodegrading bacterial consortia. This type of molecular analysis is fundamental to help solve the hydrocarbon contamination problems of soils and rivers in the Peruvian Amazon. The general objective of the present investigation was to purify metagenomic DNA from crude petroleum biodegrading bacterial consortia from the Loreto region. First, petroleum biodegrading bacterial consortia were obtained from soil samples from the Allpahuayo Mishana National Reserve (RNAM) and from the waters of the Itaya and Nanay rivers. To obtain these bacterial consortia, the samples were cultured for 10 days in Bushnell Haas (BH) medium supplemented with 1% crude petroleum and then three consecutive subcultures (in BH medium + 1% petroleum) were performed every 10 days totalling 40 days of culture. Then, metagenomic DNA was purified from the bacterial consortia and evaluated its quality and quantity using standardized methods. Petroleum biodegrading bacterial consortia were successfully obtained from both soil and water samples. These consisted of Gram-positive and Gram-negative cocci, bacilli, coccobacilli bacteria. Moreover, metagenomic DNA obtained from the bacterial consortia was characterized by its purity, high quality, and quantity. In conclusion, the standardized protocol allowed us to get from the bacterial consortia pure metagenomic DNA of high quality and quantity appropriate for studies at the molecular level.

La purificación del ADN metagenómico es el primer paso para descifrar la información genética mediante análisis metagenómicos de los consorcios bacterianos biodegradadores de petróleo. Este tipo de análisis moleculares son fundamentales para ayudar a resolver los problemas de contaminación por hidrocarburos de los suelos y ríos de la Amazonia peruana. El objetivo general de la presente investigación fue purificar el ADN metagenómico a partir de consorcios bacterianos biodegradadores de petróleo crudo de la región Loreto. Primero, se obtuvieron consorcios bacterianos biodegradadores de petróleo a partir de muestras de suelos de la Reserva Nacional Allpahuayo Mishana (RNAM) y de aguas de los ríos Itaya y Nanay. Para obtener estos consorcios bacterianos, las muestras fueron cultivadas por 10 días en medio Bushnell Haas (BH) suplementado con 1% de petróleo crudo y después se realizaron tres subcultivos (en medio BH + 1% de petróleo) consecutivos cada 10 días haciendo un total de 40 días de cultivo. Después, a partir de los consorcios bacterianos se purificó y evaluó la calidad y cantidad del ADN metagenómico con métodos estandarizados. Se obtuvieron con éxito consorcios bacterianos biodegradadores de petróleo tanto de las muestras de suelos y aguas. Estos estuvieron conformados por cocos, bacilos, cocobacilos Gram positivos y Gram negativos. Asimismo, a partir de los consorcios bacterianos se obtuvo ADN metagenómico caracterizado por su pureza, alta calidad y cantidad. En conclusión, el protocolo estandarizado nos permitió obtener a partir de los consorcios bacterianos ADN metagenómico puro, de alta calidad y cantidad apropiados para realizar estudios a nivel molecular.