Caracterización de la comunidad bacteriana de una zona contaminada con petróleo, mediante técnicas dependientes e independientes de cultivo en Nieva-Amazonas 2016

Abstract

En zonas contaminadas con hidrocarburos, existen microorganismos capaces de sobrevivir a tales condiciones y es importante estudiarlos para la biorremediación. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar molecularmente el perfil de la comunidad bacteriana de zonas contaminadas con hidrocarburos en la provincia de Nieva, Amazonas, Perú. El análisis dependiente de cultivo permitió aislar a partir de muestras de agua y suelo los géneros: Pseudomonas, Proteus, Serratia, Morganella, Klebsiella, Enterobacter y Acinetobacter identificados por secuenciamiento parcial del gen 16S ARNr; y análisis de datos en BLAST de NCBI. El análisis independiente de cultivo se basó en la secuenciación de próxima generación de Ilumina dirigida al gen 16S ARNr a partir del ADN metagenómico extraído de aguas y suelos contaminados y no contaminados con hidrocarburos seguido de un análisis de datos en el software QUIIME 1.9.1; mostrando una composición de la comunidad bacteriana de 140 Unidades operacionales taxonómicas (OTU ́s) asignados a diferentes géneros en suelo muy contaminado, 163 en suelo poco contaminado, 160 en suelo no contaminado, 159 en agua contaminada y 181 en agua no contaminada; algunos géneros fueron identificados como biomarcadores de contaminación por su alta prevalencia en muestras contaminadas como Acinetobacter en suelo y Pseudomonas en agua. Por metagenómica se encontraron bacterias cultivables muy abundantes que no lograron ser aisladas y bacterias aisladas que mostraron prevalencia muy baja por análisis metagenómico mostrando la complementariedad de las técnicas no solo para la caracterización de las comunidades microbianas, sino también para el monitoreo espacio temporal de áreas en estudio o experimentales.