FRECUENCIA DE LOS GENES E, N, RdRP ENCONTRADOS EN EL DIAGNOSTICO DE SARS-CoV-2 CON qRT-PCR – LIMA, 2020

Abstract

La enfermedad respiratoria COVID-19, es originada por el virus coronavirus (SARS-CoV-2). A finales del 2019, se registraron los primeros casos los cuales se detectaron en Hubei en China. Al ser muy contagiosa la Organización Mundial de la Salud (OMS) manifestó pandemia mundial el 11 de marzo de 2020. Para el diagnostico fiable del SARS-CoV-2 se utilizó una prueba molecular de reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa en tiempo real (qRT-PCR). El presente trabajo tiene como propósito evaluar la frecuencia de los genes E, N, RdRP detectados en el diagnóstico de SARS-CoV-2 con qRT-PCR durante el periodo agosto-setiembre-octubre del 2020. El estudio fue observacional, descriptivo, transversal y retrospectivo. La data fue tomada del programa ‘Allplex™ 2019-nCoV Assay’ Seegene en el departamento de Lima. Se comparo la cantidad de casos con las variables meses, sexo y rango de edad por la frecuencia de genes confirmados para SARS-CoV-2. Se considero un valor de significancia de p<0.05. Se reportaron un total de 13 360 casos confirmados SARS-CoV-2 donde la mayor concentración de casos fue en el mes de agosto con un 43.0% (5 742), setiembre 39.8% (5 314) y el menor octubre con 17.2% (2 304). Los casos confirmados por genero del fue de 61.1% (8 158) para varones y el 38.9% (5 202) para mujeres. Los casos por edad el mayor rango estuvo entre los 30 a 39 años (19.6%), seguido por el grupo de 20 a 29 años (16.4%). El 82.5% (11,019) de los casos fueron positivos para los 3 genes E, RdRP, N. La media obtenida para el ciclo umbral (Ct) fue para el gen E Ct= 26.83, gen RdRP Ct=28.73 y gen N Ct=30.06. Se encontró una relación significativa de p=0.018 entre frecuencia de genes y edad. El gen N fue el único que presento un valor significativo p=0.007. No se descubrió asociación relevante entre el sexo y valor de Ct. También se observa que el valor de Ct en esos meses era altamente contagioso. Por lo cual afectó a un porcentaje de la fuerza laboral de la población. Por otro lado, para el estudio de la evolución clínica de los pacientes será probablemente un pilar la significancia del gen N.

The respiratory disease COVID-19 is caused by the coronavirus virus (SARS-CoV-2). At the ned of 2019, the first cases were recorded, which were detected in Hubei in China. As it is highly contagious, the World Health Organization (WHO) declared a global pandemic on March 11, 2020. For the reliable diagnosis of SARS-CoV-2, the real-time reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) molecular test was used. The objective of this work was to evaluate the frequency of the E, N, RdRP genes detected in the diagnosis of SARS-CoV-2 with qRT-PCR during the period August-September-October 2020. The study was observational, descriptive, cross-sectional and retrospective. The data was taken from the 'Allplex™ 2019-nCoV Assay' Seegene program in the department of Lima. The number of cases is compared with the variables months, sex and age range by the frequency of genes confirmed for SARS-CoV-2. A significance value of p<0.05 is considered. A total of 13,360 confirmed SARS-CoV-2 cases were reported where the highest concentration of cases was in the month of August with 43.0% (5,742), September 39.8% (5,314) and the lowest October with 17.2% ( 2304). Confirmed cases by gender were 61.1% (8,158) for men and 38.9% (5,202) for women. Cases by age, the greatest range was between 30 to 39 years (19.6%), followed by the 20 to 29 years group (16.4%). 82.5% (11,019) of the cases were positive for the 3 genes E, RdRP, N. The mean obtained for the threshold cycle (Ct) was for the E gene Ct= 26.83, RdRP gene Ct=28, 73 and gene N Ct= 30.06. A significant relationship of p=0.018 was found between gene frequency and age. The N gene was the only one that presented a significant value p=0.007. No relevant association was discovered between sex and Ct value. It is also observed that the Ct value in those months was highly contagious. Therefore, it affected a percentage of the population's workforce. On the other hand, for the study of the clinical evolution of patients, the significance of the N gene will probably be a pillar