Caracterización estructural de proteínas expresadas por Trichoderma spp. asociadas al efecto nematicida en los cultivos de Asparagus officinalis L. y Vitis vinífera L. por aproximación protéomica

Abstract

RESUMEN En el presente trabajo, en forma preliminar, fue realizado un análisis estructural de dos hidrolasas: endoquitinasa (T5) y glucanasa (T6) por aproximación proteómica de 4 cepas de Trichoderma: T. asperellum, T. viride, T. atrovoride y T. harzianum. denominados como T5 y T6. Ambas celulasas, fueron separadas por cromatografía líquida de alta eficiencia (HPLC de fase reversa) usando una columna análitica C-18, con un alto grado de resolución. Se separaron para todas cepas nueve (9) picos protéicos denominados como T1 a T9 respectivamente. Posteriormente se seleccionaron las celulasas correpondientes a los picos T5 y T6 para las 4 cepas de Trichoderma estudiadas, por ser de importancia en el mecanismo de control de Meloidogyne incógnita. Posteriormente para corroborar el grado de pureza y homogeneidad molecular, fueron realizados una electroforesis bidimensional (2D), en el que se reveló un perfil de spots de proteínas semejantes para las 4 cepas en estudio, siendo identificadas las cepas T5 y T6 para su posterior estudio de aproximación proteómica. Cada uno de los picos correspondientes a las proteínas indentificadas como T5 y T6 de las cuatro cepas de Trichoderma, fueron sometidas a una hidrólisis tríptica, con el objetivo de seleccionar uno de sus péptidos generados a fin de realizar un secuenciamiento de los mismos por espetrometría de masa MALDi TO/TOF y poder realizar la búsqueda de la identidad en la base de datos de UniProtKB/Swiss-Prot. Por Medio del Software PROTEINPILOT, se identificó que estas secuencias pertenecen a la que fueron identificadas en las familias endoquitinasas y gluconasas. El secuenciamiento de “novo”, contribuyó significativamente para poder establecer regiones consenso para todos los péptidos generados y estudiados en la homología secuencial, para las cuatro cepas de Trichoderma; T. asperrellum, T. viride, T. atrovoride y T. harzianum.