Identificacion de una secuencia parcial del gen NPR1 en Persea americana var hass "palto"

Abstract

El gen NPR1, denominado también NIM1 (non-inducible immunity 1) codifica una proteína involucrada en Resistencia Sistemica Adquirida (SAR) (Resistencia de amplio espectro) en plantas que sobreexpresan una batería de genes (PR) relacionadas a patogénesis. NPR1 es un regulador en la ruta de transducción de señales que inducen el SAR. Investigaciones respecto al secuenciamiento de regiones de este gen en cultivo de palto son nulos. Por tal motivo, se identificó una secuencia parcial del gen NPR1 de Persea americana var hass “palto”. Para el efecto, se extrajo el DNA de hojas tiernas de 43 individuos, se determinó la calidad de éste mediante espectrofotometría y electroforesis, se realizó la amplificación del ADN utilizando el juego de primers NPR1-R1, NPR1-L2 y 18S, se secuenciaron los fragmentos amplificados y finalmente se comparó con la de otras especies mediante el análisis en BLAST. Los resultados mostraron una calidad del ADN comprendida entre un valor de 1.4 y 2.6 (A260/A280), siendo 25 muestras las que presentaron valores comprendidos en el rango óptimo de 1.7 a 2.0 con bandas electroforéticas definidas. Con respecto a la amplificación del ADN por PCR, se observó amplificación en 31 muestras y 12 no amplificaron. La ausencia de amplificación probablemente sería por lisis ineficiente debido a la elevada concentración de polisacáridos en la muestra o por posibles alteraciones en la secuencia nucleotídica en la región de anillamiento de los primers. En referencia al secuenciamiento, se logró determinar una región parcial del gen NPR1 constituída por 420 pb con 100% de similitud con especies vegetales de importancia económica.

The NPR1 gene, also called NIM1 (non-inducible immunity1), encodes a protein involved in Systemic acquired resistance (SAR) as a broad-spectrum resistance in plants and which is associated with the upregulation of a battery of pathogenesis-related (PR) genes. NPR1 is a key regulator in the signal transduction pathway that leads to SAR. Molecular researches in sequencing of NPR1 gen on avocado are null. In this survey a partial sequence of NPR1 gen from Persea americana "avocado" var Hass was identified. DNA from young leaves of 43 plant individuals was extracted and its quality was performed by optical spectrophotometer and horizontal agarose gel electrophoresis. In addition, DNA amplification using NPR1-R1, L2 and 18S-NPR1 primers was sequenced and the sequenced fragments were compared by BLAST analysis. Results showed that DNA quality values were comprised between 1.4 and 2.6 (A260/A280) from which 25 samples had optimal DNA quality values ranging from 1.7 to 2.0 by contrasting with conspicuous electrophoresis bands. Gene amplification was observed in 31 samples and no amplification in 12. Absence of amplification is probably due to inefficient cell lysis and increased concentrations of polysaccharides in the plant samples, although alterations concerning nucleotide sequences in regions of primers annealing is not discarding. A partial region of NPR1 gene of 420 pb and 100% of similarity with other plants species was determined.