Caracterización molecular del microbioma de la piel de la rana Epipedobates anthonyi

Abstract

La piel de los vertebrados alberga una diversidad de microorganismos simbióticos que desempeña un papel clave en la supervivencia de los animales. En anfibios, las comunidades microbianas simbióticas están estrechamente relacionadas con la resistencia a enfermedades. En el Perú, el 22.3 % de las 599 especies de anfibios registradas para el país han sido incluidas en alguna categoría de amenaza y otras han desaparecido junto con su información genética. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar por primera vez el microbioma de la piel la rana venenosa Epipedobates anthonyi (Dendrobatidae) en la Reserva de Biosfera del Noroeste Amotapes - Manglares. Las comunidades bacterianas fueron evaluadas usando técnicas cultivables con secuenciación parcial del gen de ARNr 16S, y técnicas independientes de cultivo usando la metagenómica a través de la secuenciación de próxima generación (NGS). Las bacterias caracterizadas fueron agrupadas en OTUs. De esta manera se logró aislar e identificar 4 especies bacterianas cultivables: 2 probióticos (Bacillus subtilis y Lactococcus garvieae), el patógeno Bacillus cereus y un Bacillus sp. El análisis metagenómico tomando en cuenta phyllum y género, logró evidenciar que en general los ejemplares silvestres poseen una mayor diversidad respecto de sus pares mantenidos en cautiverio. A nivel de phyllum el OTU predominante para todas las muestras fue Proteobacteria mientras que a nivel de género los que predominan están repartidos entre Acinetobacter, Nocardioides y Rhizobium.