Evaluación de la Interacción entre Ciclótidos Presentes en la Familia Rubiaceae y Estructuras de β-Amiloide a Nivel de Mecánica Molecular

Abstract

En la presente investigación se realizó el análisis de la interacción de 78 ciclótidos de la familia Rubiaceae con un dodecámero de beta amiloide; obteniendo en una primera instancia las estructuras reportadas en la literatura, tanto como de los ciclótidos como de la beta amiloide, las cuales fueron modeladas, optimizadas y alcanzaron el equilibrio mediante el uso de técnicas de Mecánica Molecular como la minimización de energías y dinámica molecular, utilizando el ensamble canónico NVT por un tiempo de 200ns, el campo de fuerza OPLSAA, y un solvente explícito (SPC216). El acoplamiento molecular entre la beta amiloide y los 78 ciclótidos respectivamente y post procesamiento con una dinámica molecular de 10ns, nos mostró que llega a existir una interacción entre los ciclótidos con la proteína de beta amiloide al observar la existencia de puentes hidrógeno; solo un ciclótido no tiene presencia de puentes hidrógeno con respecto al dodecámero de beta amiloide, el Cycloviolacion O22, después de evaluar los aminoácidos interactuantes entre ambas proteínas, los resultados obtenidos se pueden usar para estudios posteriores.

Palabras clave: Beta amiloide, Ciclótido, Dinámica Molecular, Campo de Fuerza, Acoplamiento Molecular.