Análisis del genoma plastidial y mitocondrial del cacao fino de aroma (Theobroma cacao L.) de Amazonas, Perú

Abstract

El cacao se encuentra entre los diez productos agrícolas más importantes del mundo. El presente estudio decodificó el genoma plastidial de Cacao Fino de Aroma de Amazonas utilizando técnicas de secuenciamiento masivo. En este estudio se obtuvieron dos genomas plastidiales completos de cada una de las muestras INDES34 e INDES67, mientras que los genomas mitocondriales fueron ensamblados parcialmente (~20%). La presencia de más de un genoma plastidial por cada ejemplar de cacao, confirmaría el primer reporte de “heteroplasmia” en plantas de cacao. El tamaño de los 4 genomas plastidiales varía desde 160,589 pb hasta 160,620 pb y contienen el mismo porcentaje de GC (36.9). Están compuestos por 130 genes (37 tRNA, 8 rRNA y 85 genes codificantes de proteínas), de los cuales 17 genes están duplicados en la IR (6 genes codificantes de proteínas, 4 rRNA y 7 tRNA). Los análisis filogenómicos revelaron que los genomas plastidiales INDES67_3a, INDES67_3b e INDES34_6a tienen mayor afinidad con los grupos genéticos de Nanay e Iquitos; mientras que INDES34_6b tiene mayor afinidad con el grupo genético Contamana. Este estudio resalta la importancia de los estudios genómicos para identificar distinciones entre variedades de cacao con características agronómicas demandadas por los agricultores. Adicionalmente, se confirma que las investigaciones en Cacao están más centradas en estudios bioquímicos. Sin embargo, hay pocos estudios relacionados al uso de herramientas moleculares, pero que han repercutiendo indirectamente en la mejora de los estándares de calidad de vida de la población.