Análisis de la diversidad genética y caracterización del genoma mitocondrial completo del “churo gigante” Pomacea reevei Ampuero & Ramírez 2023 (Mollusca: Ampullariidae) de la Amazonía Peruana

Abstract

Evalúa la diversidad genética poblacional del “churo gigante“ Pomacea reevei en base a secuencias de COX1, 16S rRNA y marcadores ISSR, sugiriendo que esta especie posee una diversidad genética extremadamente baja. Para ello, se realiza la secuenciación del genoma mitocondrial mediante Next Generation Sequencing. El mitogenoma fue ensamblado exitosamente con una longitud de 15660 pb y se identificaron los elementos típicos de la mitocondria animal: 13 genes codificantes de proteínas, 22 ARN de transferencia y dos ARN ribosomales. Aunque se diseñaron primers para recuperar la región control completa de P. reevei, la secuencia recuperada corresponde al extremo 5’ del gen COX3, probablemente debido a la presencia de segmentos mitocondriales en el genoma nuclear de Pomacea. Los análisis de composición nucleotídica mostraron diferencias en los valores de contenido AT, AT-skew y GC-skew para los diferentes conjuntos de elementos anotados sugiriendo que la presión selectiva ha sido diferente sobre ellos, mientras que las diferencias en las distancias genéticas entre los genes codificantes de proteínas sugieren que genes variables como NAD3, NAD4 y NAD5 podrían ser alternativas a COX1 y 16S rRNA para evaluar la variación poblacional en el “churo gigante“. La comparación del mitogenoma del churo gigante con el de otras especies de Pomacea ha permitido descubrir diferencias en la superposición de genes adyacentes, en el tamaño de varios genes codificantes de proteínas, y en la estructura secundaria de algunos tRNA, que son coherentes con las relaciones filogenéticas entre estas especies.