Ensamblaje, anotación y análisis del genoma cloroplastidial del árbol de algarrobo Neltuma pallida (subfamilia: Caesalpinioideae)

Abstract

El algarrobo Neltuma pallida (Subfamilia: Caesalpinioideae), es una especie arbórea que crece en suelos áridos en el norte del Perú. Siendo predominante de la ecorregión del Bosque Seco, tiene una alta importancia económica para las personas, y ecológica para ambiente en el que se encuentra. A pesar de esto, la especie se encuentra gravemente amenazada y son pocos estudios a nivel genético y genómico en la especie, por lo que se ve limitada la posibilidad de desarrollar ciertas investigaciones. En este trabajo se secuenció el ADN de un ejemplar sano de N. pallida. A partir de este ADN se ensambló, anotó y analizó el genoma cloroplastidial de la especie, comparándolo con especies relacionadas. El genoma ensamblado fue de 162381 pb con una estructura clásica cuatripartita (LSC-IRA-SSC-IRB). Se anotaron 132 genes, de los cuales 19 eran duplicados y 18 contenían por lo menos un intrón en su secuencia. El contenido de GC calculado para el genoma fue de 35.97%, aunque esto era variable entre las regiones, encontrándose mayor en las IRs. Se identificaron una gran cantidad de secuencias repetitivas de diferentes tipos en el genoma ensamblado. Las más frecuentes fueron las repeticiones en tándem (> 300), sobre todo los microsatélites (142). La reconstrucción filogenética del género Prosopis s.l. utilizando la secuencia del genoma cloroplastidial de 6 especies mostró monofiletismo dentro del género. Neltuma pallida, mostró cercanía con P. cineraria, N. juliflora y N. glandulosa, formando un subclado con estas especies. Al comparar las secuencias del genoma cloroplastidial de N. pallida con P. cineraria y N. juliflora, se encontró que las secuencias eran muy similares, resaltando el alto nivel de conservación de este tipo genoma en el clado. En conclusión, el genoma ensamblado muestra una clásica estructura cuatripartita con 132 genes y una gran cantidad de secuencias repetitivas.