Análisis genómico comparativo de linajes de Mycobacterium tuberculosis extensamente drogorresistentes en Perú, periodo 2011-2015

Abstract

La tuberculosis (TB) constituye un problema permanente de salud pública que afecta a varios países del mundo. Perú ocupa el primer lugar en el continente americano con alta carga de TB extensamente drogorresistente (TBXDR). El objetivo es caracterizar genómicamente los linajes de cepas de Mycobacterium tuberculosis (MTB) obtenidas de pacientes peruanos con TB-XDR detectadas en el periodo 2011-2015. En cuanto al método, se seleccionaron 74 cepas TBXDR, determinadas fenotípicamente mediante el trabajo de rutina, almacenadas en el banco de criopreservación del Laboratorio de Referencia Nacional de Micobacterias del Instituto Nacional de Salud entre los años 2011 al 2015. El fenotipo de las cepas reactivadas fue confirmado mediante la prueba molecular GenoType® MTBDRplus y el método de proporciones en Agar Middlebrook 7H10. Se secuenciaron los genomas completos de las cepas confirmadas utilizando la plataforma MiSeq de Illumina. En los resultados, se secuenciaron 68 cepas TB-XDR procedentes de diversas partes del Perú, de las cuales 58 (85,3%) procedieron de los lugares más poblados de Lima y Callao. 62 (91,2%) cepas pertenecieron al linaje euro-americano, mientras que los 6 restantes (8,8%) pertenecieron al linaje esteasiático. La mayoría de las cepas (promedio del 90%) presentaron mutaciones de resistencia de alta confianza. Los resultados discordantes entre las metodologías fenotípicas y genotípicas se debieron a mutaciones (rpoB_I491F e inhA_S94A) fuera de las regiones de “puntos calientes” analizadas por el método genotípico. El análisis de clusters con un valor de corte de 10 SNPs reveló que solo 23 (33,8%) cepas evidenciaron eventos de transmisión recientes. Se concluye que las cepas peruanas de TB-XDR son representadas mayormente por el linaje euro-americano, y en menor grado por el linaje este-asiático. Estas cepas presentan mutaciones de gran prevalencia a nivel mundial asociados con la resistencia a fármacos antituberculosis. Asimismo, presentan un bajo grado de agrupamiento genético.