Identificación de grupos filogenéticos de Escherichia coli en aislados de cerdos con cuadros diarreicos provenientes de granjas tecnificadas de Lima

Abstract

La colibacilosis porcina es una enfermedad originada por Escherichia coli, que afecta principalmente a lechones recién nacidos, entre el periodo neonatal al destete y post destete. Esta patología se asocia a cuadros de enteropatías y diarreas, provocando grandes pérdidas económicas por la mortalidad, poca ganancia de peso, gastos en tratamientos, entre otros. Filogenéticamente, E. coli puede asignarse a uno de los ocho grupos filogenéticos: A, B1, B2, C, D, E, F y el clado I críptico; donde la filogenia nos aproxima hacia su historia evolutiva, la capacidad de causar enfermedades, entre otras características. El objetivo del presente estudio es la identificación de los grupos filogenéticos de E. coli, mediante el último esquema de Clermont. Para ello, se evaluaron 117 aislados de E. coli recolectados de cerdos con cuadros diarreicos, remitidas por veterinarios y productores de granjas porcinas de Lima desde el 2017 hasta el 2020, enviados al Laboratorio de Microbiología y Parasitología Veterinaria, sección Bacteriología de la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Se inició con la reactivación de los aislados y posteriormente la extracción del ADN bacteriano. Luego, se realizó el análisis filogenético según la combinación (ausencia/presencia) de cuatro marcadores genéticos arpA, chuA, yjaA y el fragmento de ADN TspE4.C2, mediante la técnica de PCR-Múltiple. Se identificaron los siguientes grupos filogenéticos A, B1, D, F y clado I. Las frecuencias fueron de 49.57% (58/117), 9.41% (11/117), 17.95% (21/117), 4.27% (5/117) y 11.11% (13/117), respectivamente. Un aislado fue clasificado como el conjunto clado III, IV, V y ocho aislados (6.84%) fueron clasificados como NO TIPIFICABLES. Siendo la mayoría de los aislados de E. coli pertenecientes a los filogrupos A, B1 y D, tienen una alta probabilidad de tener características de resistencia a múltiples agentes antimicrobianos y portadores de numerosos genes asociados a la virulencia, representando importancia para la salud pública.