Caracterización molecular del segmento 4 del virus de la tilapia del lago (TILV) aislados de tilapias procedentes de centros de cultivo en el Perú

Abstract

El presente trabajo tuvo por objetivo la caracterización molecular del segmento 4 del virus de la tilapia del lago (TiLV) y determinar su posible función. El estudio se realizó con muestras positivas, provenientes de tilapias de cultivo de los departamentos de Piura y San Martín, en un brote ocurrido a finales del 2017 e inicios del 2018.Se seleccionaron al azar, cinco muestras positivas a TiLV, de un total de veintiséis muestras positivas provenientes del brote. El diagnóstico de éstas muestras se realizó a través de RT-PCR anidado con cebadores diseñados dirigidos al segmento 3 y los productos de PCR fueron secuenciados. Para la amplificación y análisis del segmento 4 del genoma del TiLV, se realizó un RT- PCR, donde se diseñaron los cebadores específicos. La secuenciación se hizo con la empresa Macrogen Inc. (Corea del Sur), mediante secuenciación bidireccional por el método de Sanger automatizado. Para el análisis filogenético, se utilizó el programa MEGA 7.Las características de la proteína hipotética se realizó con el programa Phyre2 y el software TMpred. Se obtuvieron, cuatro secuencias con una longitud de 1190 pb, siendo comparadas por 02 secuencias de Israel y 01 de Tailandia, cepas referenciales correspondientes al segmento 4 de TILV publicadas Gen bank. Así mismo, se compararon con una cepa peruana obtenida de tilapias asintomáticas. El análisis filogenético del segmento 4, determino la presencia de un genogrupo TiLV en nuestro entorno, asimismo que, las muestras positivas peruanas presentan mayor relación genética con el clado de cepas de Israel. En el análisis de distancia genética se determinó una identidad nucleotídica de 99.7-100% entre las 4 muestras positivas peruanas, el 97.5-97.7% con cepas de Israel y el 97.0-97.1% con cepas de Tailandia. La proteína hipotética obtenida a partir del segmento 4, tiene una región con homología estructural con la proteína neuraminidasa N6 del virus de Influenza A, con 12 % de cobertura, 44% de identidad y 25,2 % de confianza y presenta una ubicación transmembrana.