Detección de Phytophthora cinnamomi en raíces de Persea americana “palto“ por Nested-PCR

Abstract

Establece una metodología de detección de ADN de Phytophthora cinnamomi en muestras de raíces de Persea americana “palto” procedente del Sector III del Proyecto Especial CHAVIMOCHIC, La Libertad-Perú. Se establece un protocolo de amplificación de regiones del espaciador transcrito interno (ITS) del ADNr por Nested-PCR, que permite el diagnóstico rápido y confiable de P. cinnamomi. Los iniciadores PPF/PPR específicos del orden Pythiales se emplean en la primera reacción de PCR (Simple-PCR), mientras que los iniciadores PcinnF/PcinnR específicos de P. cinnamomi se usan en la segunda reacción de PCR (Nested-PCR). La estandarización de las pruebas de amplificación se realiza a partir de ADN extraído de micelio en cultivo puro de la cepa FM2C1R1 aislada previamente de la zona de estudio. Se obtienen amplificaciones del ADNr de P. cinnamomi por Simple-PCR desde 100 ρg de ADN extraído de raíces; mientras que en Nested-PCR es posible desde los 10 ρg del ADN previamente amplificado. El método de extracción y amplificación a partir de ADN de raíces es suficientemente sensible para detectar al patógeno sin necesidad de mayores purificaciones del ADN extraído. La dilución del ADN extraído o el incremento de la concentración de MgCl2 en la reacción no mejoran considerablemente la visualización de amplicones. De un total de 30 muestras de raíces de palto analizadas en el área de estudio, 22 resultan positivas para el patógeno en Nested-PCR. La confiabilidad de la Nested-PCR es verificada mediante secuenciación de los productos de amplificación y análisis filogenético. Esta investigación es la primera en establecer una metodología de detección de ADN de P. cinnamomi en raíces de palto y proporciona una herramienta molecular aplicable para la prevención y monitoreo del patógeno en el cultivo de palto.