Detección y caracterización molecular de los diferentes géneros de Coronavirus (CoV) que circulan en alpacas (Vicugna pacos) pertenecientes a comunidades localizadas en la provincia de Canchis - Departamento del Cuzco

Abstract

Identifica los diferentes géneros de CoV que circulan en alpacas de tres comunidades localizadas en la provincia de Canchis, departamento del Cuzco. Se colectaron 68 muestras de heces con y sin signos de diarrea de alpacas de 1 a 5 semanas. La detección de CoV se realizó mediante la técnica RT-PCR y PCR anidada usando cebadores específicos para la amplificación de una región conservada del gen que codifica la ARN dependiente de la ARN polimerasa (RdRp) viral de todos los géneros de CoV. Para diferenciar al género Betacoronavirus (βCoV), se realizó una PCR anidada utilizando cebadores específicos. Las muestras positivas a βCoV fueron analizadas por PCR anidada con cebadores específicos para la identificación del subgénero Embecovirus. Las muestras positivas a CoV y que fueron negativas al género βCoV o al subgénero Embecovirus fueron sometidos al secuenciamiento de una región parcial de la RdRp para identificar el género del virus por análisis filogenético. El 86.8% (59/68) de muestras analizadas fueron positivas a CoV. El 93.2% (55/59) de las muestras positivas a CoV fueron βCoV. De estos, 15 (25.4%) pertenecen al subgénero Embecovirus. No se logró identificar el género para 4 (6.8%) muestras. Se concluye que hay una alta frecuencia de CoVs infectando alpacas en el área de estudio y a su vez una amplia variedad genética ya que hay más de un género y subgénero de CoV circulando en alpacas de 3 comunidades de Canchis, Cuzco.