Estandarización del número más probable molecular (NMP - LAMP) para detección de Escherichia coli y Enterococcus faecalis en microcuencas hidrográficas de la región Amazonas

Abstract

Actualmente, la contaminación por desechos orgánicos afecta a los cuerpos de agua, siendo un problema latente a nivel mundial. Así, el agua contaminada puede perjudicar la salud de los pobladores cuando es usada para consumo humano. Por lo cual, es necesario realizar análisis microbiológicos del agua, para determinar la presencia de coliformes como Escherichia coli y Enterococcus faecalis, que son indicadores de la calidad del agua, y que establecen los criterios para que el recurso hídrico se puede potabilizar. Los métodos convencionales para el análisis microbiológico del agua son: La Técnica de Filtración por Membrana (FM) y el Método del Número más Probable (NMP); estos métodos son confiables, pero demandan aproximadamente una semana para obtener resultados finales. Por esta razón, la presente tesis propone el empleo del método molecular llamado Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle (LAMP), que es una variante del método de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). La implementación de la técnica PCR – LAMP permitirá reducir el tiempo para obtener los resultados a unas pocas horas, y por su probabilidad puede ser usado en campo. Presentamos los resultados de la estandarización de la técnica del Número Más Probable Molecular (NMP – LAMP) para la detección de Escherichia coli y Enterococcus faecalis en microcuencas hidrográficas de la Región Amazonas. Para estandarizar la técnica LAMP, Se diseñaron cebadores específicos para la detección de los genes LacZ, UidA para Escherichia coli y 23s rRNA de Enterococcus faecalis; como representantes del grupo coliformes totales. Así, la presencia de amplificación del ADN bacteriano, representado por turbidez o precipitado en el tubo de reacción. Fue indicativo de positividad del ensayo. Posteriormente, un esquema de diluciones seriadas propias de la técnica del NMP se usaron para la extracción de ADN y amplificación por LAMP. Finalmente, el ensayo fue desafiado con muestras de aguas de las cuencas hidrográficas cercanas a Chachapoyas. En este punto se compararon los resultados con la técnica del NMP convencional realizada simultáneamente; en relación de presencia o ausencia de dicho microorganismo.