Identification of the microbiome present in sputum samples from patients with clinical tuberculosis by NGS (Next Generation Sequencing).

Abstract

La tuberculosis es una enfermedad reemergente que continúa siendo un problema de salud pública a nivel mundial con una alta tasa de morbimortalidad. La infección por M. tuberculosis provoca disbiosis de la microbiota, condición que no solo influye en la latencia de M. tuberculosis y en la manifestación de la enfermedad, sino que serían determinantes de una mayor progresión de la enfermedad y el fracaso del proceso de recuperación. Otro aspecto a considerar son los métodos diagnósticos los cuales son variados y con limitaciones, sin embargo, gracias a los notables avances tecnológicos como la Secuenciación de Nueva Generación (NGS), actualmente se tiene acceso al estudio del microbioma que acompaña al ser humano en condiciones de salud y asociadas a enfermedades como la tuberculosis. En el presente estudio se realizó la identificación del microbioma de muestras de pacientes con diagnóstico de tuberculosis, donde se recolectaron 28 muestras de esputo con diagnóstico clínico de tuberculosis correspondientes a: 20 sin tratamiento, 6 con tratamiento, 2 Multidrogo - Resistente y 8 muestras de pacientes sin tuberculosis (control). Para la identificación de M. tuberculosis se utilizaron los cebadores TB1, TB2 y TB3. La identificación molecular del microbioma se realizó mediante secuenciación Illumina MiSeq, utilizando cebadores específicos que se dirigen a la región V4 del gen 16S rRNA. De acuerdo con la abundancia de cada grupo de estudio, se presentaron los siguientes phyla: pacientes sin tuberculosis (control) Firmicutes , proteobacterias, fusobacterias y actinobacterias; pacientes con diagnóstico de tuberculosis sin tratamiento Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes y Actinobacteria; pacientes con diagnóstico de tuberculosis que recibieron tratamiento Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes y Proteobacteria; y pacientes con diagnóstico de tuberculosis Multidrogo-resistentes phyla Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes y Firmicutes. El estudio identificó la diversidad y abundancia a nivel de phylum y género mediante Next Generation Sequencing en individuos diagnosticados con tuberculosis en pacientes no tratados, tratados y multirresistentes, encontrando una marcada variación en el microbioma presente en muestras de esputo asociado a tuberculosis.