Influencia de la carga viral, extracción de ARN y conservación de las muestras en el diagnóstico de COVID-19 mediante la PCR-RT en tiempo real. LRR - Huancavelica, 2022

Abstract

El diagnóstico oportuno y preciso de la infección del SARS-CoV-2 es un factor determinante en las medidas de contención y propagación de la COVID-19. La detección del ARN viral en muestras clínicas es una estrategia primordial en este proceso; no obstante, la estabilidad del material genético viral en diversas condiciones de almacenamiento y transporte puede afectar significativamente los resultados. Con el objetivo de comparar dos métodos de extracción: manual y semiautomatizado, se utilizaron muestras positivas a SARS-CoV-2 expuestas a temperatura ambiente durante diferentes periodos de tiempo (0, 5, 10 y 15 días respectivamente), procedentes de la región Huancavelica durante el periodo de marzo - abril del 2022. Se seleccionaron 30 muestras positivos a SARS-CoV-2, las cuales se agruparon según su carga viral en tres grupos: Ct alto (> 30,10), Ct medio (18,83 - 30,10) y Ct bajo (< 18,83). Estos grupos se emplearon para analizar los genes ORF1ab y N mediante la U de Mann Whitney y cajas y bigotes. Las muestras fueron extraídas y purificadas de forma paralela mediante la extracción manual “Mole Bioscience” y de manera semiautomatizada “Lifotronic”, posteriormente se realizaron las amplificaciones mediante RT-PCR en tiempo real. Los resultados indicaron diferencias significativas para el día inicial con valores (p<0,05); sin embargo, a partir del quinto día no mostró diferencia significativa (p>0,05) para el gen ORF1ab y N. En conclusión, la extracción semiautomatizada es la más adecuada para el día inicial de extracción. Sin embargo, para muestras con mayor tiempo de exposición a temperatura ambiente a partir del quinto día, ambos métodos evidenciaron ser eficientes en la detección del SARS-CoV-2 sin diferenciación.