Diversidad genética de cepas clínicas de Sporothrix schenckii procedentes de la micoteca del Instituto Nacional de Salud, periodo 2000 - 2015

Abstract

Se evaluó 87 cepas de Sporothrix schenckii procedentes de dos zonas hiperendémicas de esporotricosis: Cajamarca y Apurímac mediante RAPD-PCR, utilizando cuatro primers OPBG-1, OPBG-14, OPBG-19 y OPD-18. De los cuales el primer OPBG-1 resultó más informativo. La utilización de estos marcadores permitió detectar un alto porcentaje de polimorfismo entre 86.7% y 100%, indicando un alto nivel de variación genética existente entre los individuos analizados. El análisis de agrupamiento revela que a bajo porcentaje de similitud se forma el Grupo I y II. El Grupo I se divide en tres genotipos, correspondientes a subgrupo I.1, I.2 y I.3, además se diferencian cinco aislados con genotipos únicos. El Grupo II se divide en dos genotipos, correspondientes al subgrupo II.1 y II.2, en donde también se distinguen dos aislados únicos. El coeficiente de correlación cofenética indica un buen ajuste y una baja distorsión entre la matriz de similitud y la matriz cofenética que dio origen al dendograma. Además, indica que el método de agrupamiento UPGMA es el adecuado para los datos. La hipótesis de que las poblaciones de Sporothrix schenckii se encuentren genéticamente estructuradas por origen geográfico (Cajamarca y Apurímac) no fue apoyada por el AMOVA, ya que los resultados indican que la variabilidad genética de estos aislados se debe al componente individual mas no a la variación interpoblacional.

Eighty-seven Sporothrix schenckii strains from two hyperendemic sporotrichosis areas: Cajamarca and Apurímac were evaluated by RAPD-PCR, using four primers OPBG-1, OPBG-14, OPBG-19, and OPD-18. OPBG-1 was more informative. The use of these markers allowed the detection of a high percentage of polymorphism between 86.7% and 100%, indicating a high level of genetic variation existing among the analyzed individuals. Clustering analysis reveals that at a low percentage of similarity, Group I and II are formed. Group I is divided into three genotypes, corresponding to subgroups I.1, I.2, and I.3, in addition, five isolates with unique genotypes are differentiated. Group II is divided into two genotypes, corresponding to subgroup II.1 and II.2, where two unique isolates are also distinguished. The cophenetic correlation coefficient indicates a good fit and a low distortion between the similarity matrix and the cophenetic matrix that gave rise to the dendrogram. In addition, indicates that the UPGMA clustering method is appropriate for the data. The hypothesis that the populations of Sporothrix schenckii are genetically structured by geographic origin (Cajamarca and Apurímac) was not supported by the AMOVA, since the results indicate that the genetic variability of these isolates is due to the individual component but not to the variation interpopulation.