Genetic diversity of avian coronavirus infectious bronchitis detected from commercial poultry in Brazil

Abstract

El virus de la bronquitis infecciosa de las gallinas (IBV) es el agente causante de una enfermedad aviar económicamente importante. En Brasil, esta enfermedad causa problemas respiratorios, renales y reproductivos en aves de todas las edades, a pesar de la vacunación constante con la cepa H120 de Massachusetts. Esta falla en la protección conferida por la vacuna es causada por mutaciones en los nucleótidos del gen de la glucoproteína espiga, que está involucrado en el proceso de interacción con las células huésped, la neutralización y la inducción de inmunidad protectora. Las variantes brasileñas resultantes de esta mutación genética han estado presentes desde la década de 1980 y este estudio tuvo como objetivo analizar la caracterización epidemiológica y molecular de las variantes de virus existentes durante 2010-2015 y realizar un análisis bioinformático de las secuencias disponibles en GenBank durante un período de 40 años. De las 453 muestras analizadas, el 61.4% fueron positivas para IBV y el 75.9% de ellas se consideraron variantes y se detectaron en aves de todas las edades, distribuidas en las 5 regiones de Brasil. Se obtuvo un fragmento de 559-566 pb de 12 aislamientos, donde BR-I era la variante predominante, mientras que solo un aislante pertenecía al genotipo BR-II. El análisis bioinformático de 40 años de variantes brasileñas de IBV reveló un predominio de codones con sustituciones no sinónimas en el primer tercio del gen S1 y una relación dN / dS de 0.6757, lo que indica que esta porción del gen estaba bajo selección negativa. Además, la predicción de los puntos de N-glicosilación mostró que la mayoría de las muestras de variantes BR-I (entre 2003 y principios de 2014) tienen un punto adicional en la posición 20, mientras que las variantes más nuevas no tienen este punto de nglicosilación. Estos resultados sugieren que las variantes brasileñas habrían experimentado mutaciones probablemente drásticas en algunos puntos del genoma, entre los años 1983 a 2003 y después de alcanzar una estructura antigénica lo suficientemente efectiva como para la invasión y replicación en sus anfitriones, el proceso de selección cambió a selección negativa.