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Figueroa, D., (2022). Identificación bioinformática de polimorfismos de nucleótido simple (PNS) en genes de proteínas asociadas a queratinas en Alpacas (Vicugna pacos) [Universidad Nacional Agraria La Molina]. https://hdl.handle.net/20.500.12996/5401
Figueroa, D., Identificación bioinformática de polimorfismos de nucleótido simple (PNS) en genes de proteínas asociadas a queratinas en Alpacas (Vicugna pacos) []. PE: Universidad Nacional Agraria La Molina; 2022. https://hdl.handle.net/20.500.12996/5401
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title = "Identificación bioinformática de polimorfismos de nucleótido simple (PNS) en genes de proteínas asociadas a queratinas en Alpacas (Vicugna pacos)",
author = "Figueroa Venegas, Deyanira Antonella",
publisher = "Universidad Nacional Agraria La Molina",
year = "2022"
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El objetivo del presente trabajo fue identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) en genes de proteínas asociadas a las queratinas (KRTAPs) en alpacas (Vicugna pacos). Los objetivos específicos fueron: a) identificar las secuencias de genes de proteínas asociadas a queratinas en el VicPac3.1, b) identificar PNSs en la secuencia de los genes (exones, intrones o regiones no traducidas), y c) seleccionar los PNSs identificados, considerando parámetros de calidad (frecuencia del alelo menor, tamaño de la secuencia flanqueante y ausencia de PNS en la secuencia flanqueante). Se realizó el estudio en un total de 34 genes de proteínas asociadas a las queratinas, que se encuentran anotados en la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI). Para hallar los PNSs se comparó el genoma de referencia VicPac3.1. con nueve genomas (almacenados en NCBI) y reads de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas, mediante el uso del BLASTN. Se halló la frecuencia del alelo menor (MAF) y la tasa de genotipificación (TG) con secuencias en los sitios del PNS, mediante el uso de los softwares KGD y PLINK, así como, el Illumina Score, mediante el Illumina Design Studio para cada PNS. Se seleccionaron marcadores con frecuencia de alelo menor (MAF) ≥ 0.05, tasa de genotipificación (TG) ≥ 45% por PNS basado en secuencias reads y Illumina Score = 0.6. Se identificaron 67 PNSs ubicados en las regiones intrónicas, exónicas y no traducidas de los genes de proteínas asociadas a las queratinas, que cumplen con dichos parámetros. De estos, 35 PNSs fueron incluidos en una micromatriz de PNSs de Alpaca de los cuales 32 PNSs fueron confirmados.
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